Localiza-se na zona mais elevada da vila, encontrando-se a fachada principal voltada a Poente, para a Vila Velha, antigo núcleo urbano. A sua origem remonta ao início do reinado de D. Manuel, quando este, pretendendo honrar a memória de D. João II (falecido em Alvor), resolve elevar Alvor a vila, ordenando a construção de uma Igreja Matriz. A construção desta Igreja terá início em 1496, prolongando-se pelas duas primeiras décadas do século XVI. A Igreja Matriz de Alvor integra-se no estilo Manuelino, sendo considerada um dos melhores exemplos deste estilo no Algarve. A fachada principal da igreja é dominada por um importante pórtico de traça manuelina, de grande riqueza decorativa, caracterizado por motivos vegetalistas e antropomórficos, tais como folhagem, maçarocas, flores e troncos nodosos de árvores. figuras humanas e animais. O seu interior caracteriza-se pela presença de uma cabeceira tripla, ausência de transepto, cobertura de madeira, corpo com três naves, quatro tramos e arcarias de volta perfeita, assentes em colunas, onde sobressaem capitéis com seres monstruosos, rostos masculinos, cachos de uvas, folhagem diversa, entre outros, existindo ainda seis altares e diversas capelas, nas quais se veneram as imagens do Senhor Jesus de Alvor e da Nossa Senhora da Boa Viagem. Com o terramoto de 1755, a Igreja Matriz de Alvor sofre danos vários, nomeadamente no que respeita a Torre Sineira, posteriormente sujeita a trabalhos de remodelação. Esta Igreja, implantada numa terra de mareantes e pescadores, constitui um dos ícones da vila de Alvor, representando um templo de devoção e proteção das suas gentes, contra os desígnios do mar.
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